当サイトの予約検索システムは、楽天トラベルさん。じゃらんさんのお力をお借りして掲載しています。
当然ですが、2つのサイトに登録されていないホテルは検索結果に上がってきません。
そこで、検索結果に上がってこない、東京駅周辺ホテルをご紹介します。(2013年7月現在)

ホテルハイマート

どうしても高級ホテルの多い立地条件で、手ごろな料金で宿泊できる、ビジネスタイプのホテルとして人気があります。
るるぶ   ヤフー

パレスホテル東京

某元財務大臣さんも御用達だったという老舗高級ホテル。リニューアルオープンしたのは記憶に新しいです。
一休 ヤフー

シャングリ・ラ ホテル 東京

外資系の高級ホテルの代表格の一つ。本部は香港にある
一休 ヤフー

マンダリンオリエンタル東京

外資系の高級ホテルの代表格の一つ
一休 ヤフー

ザ・ペニンシュラ東京

外資系の高級ホテルの代表格の一つ。本部は香港にある
一休 ヤフー

高級ホテルが多いですので、一休さんならほぼ間違いないですね。ちなみに、ヤフートラベルさんはすべてを網羅しています。